快速便捷幫助預測前列腺癌患者轉移的風險

對於新診斷為前列腺癌的男性或先前治療的患者,轉移的風險是決定選擇保守治療還是接受進一步治療的關鍵因素。對於前列腺癌和其他癌症,原發腫瘤的生長或擴散是由基因組中被稱為拷貝數改變(CNA)的部分的擴增或刪除所驅動的。《分子診斷學雜誌》上的一篇報告描述了一種評估CNA的新方法,它比其他診斷技術更便宜、更快、可重複,並且需要更少的組織,並且具有顯著增強前列腺癌評估的潛力。

轉移發生在大約16%的前列腺癌中,占所有男性癌症死亡的8%。在診斷時,準確的預測可以識別出有轉移風險的男性,他們將從積極的治療中受益。檢測前列腺組織或血液中的CNA可以提供先前診斷疾病是否進展的指示。擴增和缺失的基因代表了治療侵襲性前列腺癌的新焦點。

「我們已經證實,CNA可以通過新的下一代拷貝數改變(NG-CNA)檢測快速和準確。這一信息的影響是雙重的:確保在診斷時對易轉移疾病男性進行積極治療,並為積極監測(而不是過度治療)無痛症男性提供理論基礎,」阿爾伯特愛因斯坦醫學院病理學系首席研究員哈里·奧斯特雷博士解釋說。

NG-CNA分析是一種能夠分析屬於194個基因組區域的902個基因組位點的靶向擴增測序技術。與陣列比較基因組雜交陣列(CGH)相比,NG-CNA可以更快地處理樣品,降低每個樣品的成本。例如,使用NG-CNA,DNA提取、文庫製備和測序試劑的成本是每個樣品20到40美元,而整個基因組測序的成本接近1000美元。

事實上,「大量多重分析,像NG-CNA分析,以傳統全基因組測序方法的一小部分成本提供進入個性化醫學應用的入口,」第一作者Viacheslav Fofanov博士補充說,他是美國亞利桑那州北部大學信息學、計算和網路系統學院的,弗拉格斯塔夫,亞利桑那州。

NG-CNA的另一個實際優點是結果比整個基因組測序更容易破譯。新的分析允許幾百到幾千個樣品在一次運行中處理,典型的周轉時間為36小時。用NG-CNA分析評估的樣品也比整個基因組測序需要更少的數據存儲。這使得我們的方法能夠根據需要從大型參考實驗室轉移到較小的、資源受限的獨立實驗室。

NG-CNA測定法的另一個好處是它可以處理比其他技術要求的更少量的材料(低至12.5ng),從而允許分析細胞系、手術樣品和活檢。CNA方法還提供一個單獨的平台,其他測序測試,如伴隨診斷測試,可以併入其上。

在以前的工作中,研究人員利用來自其他測量技術的數據,開發了轉移電位評分(MPS)作為轉移電位的指標。他們發現MPS高度預測前列腺癌、三陰性乳腺癌和肺腺癌轉移。在本研究中,使用NG-CNA測定數據計算了70例已知臨床結果的前列腺癌外科研究樣本的MPS,其結果與Oncoscan CNV測定高度相關。在單獨的一組中,發現手術樣本和完全在NG-CNA平台上運行的匹配活檢之間的臨床和分析有效性。MPS閾值為0.99表示低風險腫瘤的高風險。

Ostrer博士說:「我們認為,將NG-CNA檢測添加到標準癌症基因測試平台上,將通過識別侵襲性腫瘤和基因突變來增強個性化藥物,這些腫瘤和基因突變是靶向治療應答的預測因子。」